正在此时，娜乌西卡感受到大片昆虫的恐惧，原来有无数的昆虫向绿洲方向飞来，其中不少受伤的坠地死去，绿洲瞬间被瘴气所淹没毁灭了，圣僧也圆寂。娜乌西卡救起奇克克，两人一起和虫群向出事的地方飞去。

　　穿出云层，娜乌西卡发现昆虫正在袭击一艘散播瘴气的飞船。原来土鬼皇弟所乘坐的带有菌类培养槽的飞船因为菌类产生变异突然增殖充迫了培养槽而使船不受控制，僧官正准备让皇弟从船上撤退。感觉到娜乌西卡接近的土鬼皇弟马上又出动他黑暗的精神体欲袭击娜乌西卡，在他为看不见了娜乌西卡的脸而叫嚷时，娜乌西卡却传透了他黑色的外衣走到他的面前用同情的语调对他说：我看见了你，悲惨可怜的生命……大惊的皇弟在僧官的簇拥下向西瓦皇陵撤推，而娜乌西卡和奇克克则与一个留下的僧官将飞船炸毁，希望突变的孢子不要降落到地面上。而疯狂的昆虫们则前去吞食没有烧尽的菌类，企图保护大地，然而始终未能组织瘴气的扩散，一番混战后，大地上 尸遍野，娜乌西卡也因为吸入瘴气而倒下了。被娜乌西卡所感动的僧官救起了这个“皇帝殿下的敌人”，并为她修好了滑翔翼。此时，降落地面的粘菌以惊人的速度吞吃了昆虫门的尸体并如有生命的物体一般四下扩张。娜乌西卡也明白到了，王虫所说的哭泣的南方森林原来就是指森林会被变异的 菌所侵蚀一事，大海啸终于翻起了它不可抑制的波浪……

　　在土鬼神圣皇帝的圣都——修瓦中，数以千计的僧官正为从前线撤退回来在培养槽中抢救的皇弟祈祷（土鬼皇家的遗传恶疾，皮肤极易腐败，必须隔一段时间就在营养槽中浸泡），乘此机会，土鬼皇兄带着一队席得拉（拥有强大力量的人造士兵）穿过已成形的巨神兵的培养穴来到皇弟面前，夺取了国家控制权，并将陵墓封印，亲自带兵出战。

　　另一方面，从前线开始撤退的多鲁美奇亚军一路烧杀抢掠，没有军队保护的土鬼人民陷入一片残酷的地狱中。前来寻找娜乌西卡的犹巴一行混迹在人群中，由于佳嘉无法忍受自己的同胞受辱而与多鲁美奇亚士兵打了起来，在混战中大家乘坐风之谷的炮艇离开了混乱的都市。犹巴看见大量迁移的昆虫，认为虫的走向必然就是娜乌西卡的去向，于是向前线飞去，越飞近看见的景象就越触目惊心。大量死去的昆虫尸体上已长出腐海，来不及逃走的人被瘴气多去了生命，尸横遍野，曾经繁荣的村镇也变成死亡和虫的世界。

　　途中，他们遇到了在瘴气中苦苦挣扎等待救援的库夏娜及其受伤的部属，库夏娜为救部署主动站出来投降，阿斯贝鲁执剑便要向这个毁灭他们的城市的仇人砍去，被犹巴阻止了。犹巴要阿斯贝鲁以眼前事情为重，而库夏娜亦接受了阿斯贝鲁日后决斗的约定。

　　在炮艇上，库夏娜对犹巴说起了这场战争给她的启示：“……愚昧的并不只有土鬼皇帝，我也一样。宁愿被欲望拨弄，被恨意捉住，而不愿改变。

　　在昆虫来的那个时候，仇人之一在我眼前被杀了，我原本是为了要杀他才活着的……我完全陷入空虚了……眼前发生的惨状也仿佛看不到一般，只有部下们的体温在本能地悲伤着。

　　不知从何时开始，我也照着娜乌西卡的话做了……她说：只要放下恐惧和仇恨之心，救不会被虫袭击。直到虫走了，我开始回复神志，都还唱着歌……那首摇篮曲……那感觉，既不是强烈燃烧着愤怒的憎恨，也不是仇视之心……而是，悲伤。”

　　监视着变异粘菌扩散的娜乌西卡带着奇克克四处拯救被瘴气侵蚀地区的居民，并和土鬼僧官联手企图阻止粘菌的进一步扩张。娜乌西卡深深体会到变异粘菌身上所发出的恨意和痛苦，心中一直被生存和毁灭的思想所困绕着。在她独自飞到粘菌会集地视察时，看见前来探路的垂死的王虫。在与王虫的对话中，她终于明白到，昆虫之所以源源不断地向粘菌飞来，并非为了袭击，而是为了吞食，为了吞食掉这些痛苦，如果不能吞食掉粘菌，就用自己的身体作苗床长出森林迎接粘菌的到来——这也就是所谓的昆虫和植物之间的爱。明了一切的娜乌西卡飞到粘菌集合地的中心底带的高岗上，静待王虫大队的来临。

　　犹巴和库夏娜一行在废弃的城市中寻查时被土鬼皇兄的席得拉兵团袭击，库夏娜包着寻死的心情和几乎可称为不死身的席得拉搏斗，最后被俘，正当众人陷入苦战之际，无数王虫冲将过来，席得拉慌忙带着库 哪瘸飞戏 机，而犹巴也趁飞机起飞一瞬间跳了上去，迎接他的是身着古代神圣皇帝战衣站在机头看浩浩荡荡王虫大军经过的土鬼皇兄。

　　在高岗上等待的娜乌西卡因为疲惫而倘在地上睡着了，待她醒来发现自己在一个温暖的透明的帐篷中，一个可爱的女孩正为她做着新的面具。女孩正是前来探查大海啸的森林人中的一员——瑟尔穆的妹妹。戴上新的面具，娜乌西卡感应到王虫大军已经到达，于是架起滑翔翼，开始她最后的飞行，女孩微笑地和她道别：“真希望你能和哥哥见面……”

　　娜乌西卡飞近王虫群，用她所有力量希望劝阻王虫的近似自杀的行为，然而完全没有用，看着一只接一只死亡的王虫，她悲伤得泪流满面，此时，曾在她心中出现的虚无以骷髅的姿态又再一次站在她的面前。

　　虚无用强列的语气说娜乌西卡不用伤心，这一切是神为了清理被人类污染的地球而创作出来的，指着她脚边的尸体说娜乌西卡不再是纯洁的孩子，她的手上同样染了被她杀死的人的鲜血，她只是继承了受诅咒的种族的血脉的女人罢了……娜乌西卡绝望地想到：“我们是受诅咒的种族，令大地受伤、污染、只会烧毁一切……原本就是非常丑陋的生物……现在再企求原谅也没有意义了……”

　　想到此处，娜乌西卡跳下滑翔翼，坐在一头已被孢子完全淹没却依然前行的王虫身上，随它来到最终的交汇点：虫和粘菌的交合之地。无数王虫的尸体排成一圈圈等待着愤怒的粘菌的到来。娜乌西卡站在虫中央，看着粘菌向自己覆过来，身边的虫渐渐死去，她搂着虫蓝色的眼睛，说：让我也跟着你走吧……

　　几根垂死的金黄的触须伸出来，卷起了快要被孢子淹没的娜乌西卡，王虫把她放入了自己的口中。瞬间，天地被白茫茫的孢子所覆盖。

　　在远方用念力感应着娜乌西卡动向的奇克克蜷缩在角落里，浑身打着冷战，用战抖的声音对僧官说：娜乌西卡不见了……

　　土鬼阵营中，担心着娜乌西卡生死的奇克克要求僧官和他一起去虫与粘菌的汇集之地寻找娜乌西卡，于是两人坐著小飞艇（类似三脚鼎的开敞式飞行器）带着面具向虫群飞去。飞近目的地，及目所见皆是王虫的尸体，而且尸体与地面上都已长出厚厚的菌类，大地上的一切都被吞食了。忽然，他们发现没有被完全淹没的村子中有东西在移动，上前一看，竟是大批集结的驯虫师，他们手上抬着娜乌西卡的滑翔翼。驯虫师告诉僧官，他们等待罪恶的大地被灭亡的日子已经有三百年，今天他们——腐海周围十一支部族的驯虫师——全部集结在这里，等待覆盖大地的菌类在照射到阳光后长成森林，他们要在新的森林中定居开始新的生活。此时，奇克克为了夺回娜乌西卡的滑翔翼与驯虫师争执起来，正当两人被驯虫师包围攻击时，突然一阵骚动，驯虫师纷纷逃窜并让出一条路来，两个身穿奇异保护服的人在众人惊恐的目光下走向僧官。来者正是森林人瑟尔穆和他的同伴。瑟尔穆用念力与奇克克交流后对僧官说：“我们去寻找娜乌西卡吧”。他为小飞船制造了一个保护膜（人在内可以脱下面罩），然后与僧官及奇克克飞离了村庄。另一个森林人则召集所有驯虫师坐于山岗之上，静待阳光出现的时刻。