飞行在茫茫菌海之上，僧官惊奇于他们所培植的破坏性极强的变异粘菌竟然不见了，瑟尔穆告诉他，粘菌成了被自己所吃下去的树木的苗床也被吃光了，在这里，吃与被吃都是一回事，因为整个森林便是一个生命体，人类若使世界的调和崩坏，森林便会付出很大的牺牲来令这状况还原。也是因为这个原因，这一千年来森林才会越来越深广。

　　这时，奇克克感应到迪多的呼唤，带着众人来到粘菌林的深处，已失去知觉的娜乌西卡被一大团王虫的浆液所包裹着。瑟尔穆抱起娜乌西卡与众人回到了驯虫师集结的村庄。此时，阳光撒向大地，菌类以惊人的速度向上生长，变成绿色的森林，兴奋得手舞足蹈的驯虫师看见被浆液所包裹的娜乌西卡便认为她是神所赐给他们的守护神，要从森林人手上把她夺走。瑟尔穆用超能力骇退了驯虫师，带着众人和娜乌西卡的滑翔翼飞上了天空。

　　奇克克看着昏迷不醒的娜乌西卡非常难过，认为她已经被王虫所带走。瑟尔穆说，娜乌西卡原本希望与王虫一起化为森林来救助粘菌，但王虫爱惜她不愿带走她才用浆液把她保护起来，没有使她变成森林而对她打开了心扉……虽然他不知道娜乌西卡在王虫的浆液中看到了什么，但自古以来从未有人窥探过王虫内心的深渊，脆弱的人在到达深渊的时候心也被击碎了，因为看见黑暗的人也同时被黑暗注视着……娜乌西卡能够到达深渊的岸边，是因为她拥有非常稀有的力量。现在她正坐在王虫离开的地方，要不要回来要由她自己决定。

　　另一方面，被土鬼王兄所囚禁的犹巴巧妙地使席得拉失控，引起飞船上一片混乱，并趁机逃出监牢。在培养槽中治疗的土鬼王弟又再次放出他为黑暗所包裹的精神体四处搜寻娜乌西卡，在发现小飞船上昏迷的娜乌西卡后毫不犹豫地就向她展开攻击，被 尔穆及时阻止。瑟尔穆知道现?已完全没有抵抗能力的娜乌西卡一旦被黑暗精神体所侵蚀便会非常危险，于是临时将飞船降落在一山岗上，要将娜乌西卡从迷惘中救出来。而僧官将娜乌西卡与奇克克交托给瑟尔穆后便自行回土鬼阵中，并坚定了自己所应该选择走的道路。

　　在昏迷中清醒过来的库 哪认 击了看护她的士兵，在机舱中点火，拿着刀满身鲜血地杀到指挥舱，神态自若的土鬼皇兄笑着迎接她，并以救治她在瘴气中扎的部下为条件要她成为他的新娘：“真正的敬意，本来就来自于憎恶和敌意。让我们俩一起来建造这黄昏的王国吧！”

　　瑟尔穆让娜乌西卡躺在草地上，自己盘腿坐在她的身边，开始进入冥想状态以精神体走入娜乌西卡的心中。

　　黑暗中，坐在高岗上的娜乌西卡又梦到了童年的自己和那只小小的王虫，浑然不觉土鬼王弟黑黝黝的精神体走近了她并将她包围起来。完全没有知觉的娜乌西卡忽然被迪多的尖叫声所惊醒，挣脱了土鬼王弟的束缚，并将他甩到一边。王弟精神体的黑暗外衣被震得粉碎，此时趴在娜乌西卡面前的只是一个干瘦而形貌丑陋的可怜的老头。看着这个痛苦得抽抽噎噎的可怜虫，娜乌西卡向他伸出手说：“一起来吧。”牵着老人，娜乌西卡向这迪多呼唤她的方向走去。

　　走着走着，在她面前出现了一座巨大的森林，一个幽雅的青年站在森林的入口处微笑着向她朝手：“太好了，娜乌西卡，你来了……我叫瑟尔穆，这片森林其实是存在于你的心中，我来，是希望和你一起分享秘密的……”

　　土鬼王弟惧怕森林而不敢进入，差点为森林外的黑暗所吞没，在千钧一发之际被娜乌西卡拉到了森林中。瑟尔穆问她为什么救来自于黑暗的土鬼王，她说：“在我的心中也存在着黑暗，如果这森林是我心中的森林……那他便也是我的一部分。”听完她的回答，瑟尔穆只是微笑，说：“走吧，我带路。”

　　他们坐上一只小王虫，顺着森林里的河流向前走。在河面上，娜乌西卡和在周围游曳王虫玩耍着，王虫金黄的触须包裹着她，阳光传过树林撒在她的身上，一切都显得非常祥和与温暖，连原本惊恐着的土鬼王弟也被眼前的景象感动得笑起来，象个孩子一样又唱又跳。娜乌西卡惊喜地回头对瑟尔穆说：“他笑了！”静静坐在一旁的少年温柔地笑道：“娜乌西卡也是啊，你笑的样子真好看……”娜乌西卡一时呆住了，脸顿时红了，望着少年说不出话来。

　　王虫继续顺河游着，土鬼王弟因为疲累而伏在娜乌西卡膝上睡着了，瑟尔穆与娜乌西卡静静坐着看着阳光下飞扬着的闪闪发光的孢子。娜乌西卡想，如果人们知道死后的世界如此魅力一定会生活地更平静，瑟尔穆侧头笑着说：“你还是以为你已经死了吗？”“咦？！”娜乌西卡惊奇地瞪大了眼睛，难道不是吗？瑟尔穆向她解释，他们的身体其实是在土鬼的山丘上，如果娜乌西卡愿意回到原来的世界是可以做到的，但这个道路要由她自己选择。

　　王虫载着三人到达了河的尽头，瑟尔穆领着他们向森林的出口走去，在他们面前的是有千年历史已到达终结期的腐海，空气已被净化，石化后的森林也逐渐化成细沙，再向前，娜乌西卡梦想中的世界便展现在眼前：蓝天白云青草飞鸟，丰壤的大地重新长出了树木与庄稼，土鬼王弟兴奋得向前奔去，消失在灿烂的阳光中……早已热泪盈眶的娜乌西卡望着这片青绿的大地，对肩上的迪多说：还是再回到我们的世界吧……因为，不能再污染这个世界了……当再过一千年或更久，当你变得更广更强壮……我们也没有灭亡，也变得更聪明，到时候我会再回到你的身边来。

　　立定了决心，娜乌西卡头也不回地转身向来路走去，穿过那石化的森林，她发现自己已来到一个山丘之上，瑟尔穆站在躺在地上的自己的身体旁边，对她微笑道：“娜乌西卡，你回来了。”刹那间，娜乌西卡回到了自己的身体，睁开眼睛，看到了她身边温文的少年。

　　两人来到高岗边，望着阳光下已长成森林的大地，娜乌西卡觉得如重生一般，莫明的幸福感让她忍不住流下了眼泪。身旁的少年说：“大海啸结束了，我们也要回森林去了。”他转头望着娜乌西卡：“你不跟我一起到森林来吗？我们是选择了与森林共生的一族……你和我们拥有相同的心！当我看到你愿意将污秽带入净土而涤清，我真的很开心。我那时就明白了，我是为了与你相遇才展开这旅程的……”阳光下，少年认真的眼睛闪闪发亮：“请和我一起生活吧。”

　　娜乌西卡望着少年不能说一句话，过了好一会儿，她伸手擦去眼角涌出的泪水说微笑着：“谢谢你，我很高兴……但是，你是让自己溶入生命之流而活的人，对我而言却是和一个一个生命体分离……我太爱这个世界了，我要生活在被人类污染的黄昏的世界里……”

　　瑟尔穆非常理解爱着众人也被众人所爱的娜乌西卡的心情，不再坚持要她与他共同生活，他请娜乌西卡不要厌恶驯虫师，要带领他们走向新的生活。

　　最后，少年真诚地对女孩说：“保重，如果你想来森林，我们就会见面的……”两人在紧紧拥抱后，又再次踏上了各自的征途。

　　娜乌西卡带领着驯虫师，和奇克克等人会合，还见到了风之谷中前来寻找她的米特等人，大家高兴地拥抱在一起，新的一章又要展开了。